El propio fundador de la República Dominicana, Juan Pablo Duarte, antes de producirse la Independencia, visitó a Pedro Santana y a su hermano Ramón con la misión de integrarlos al movimiento emancipador. Santana no creía en la tesis de la independencia pura y simple, aprovechando el movimiento trinitario para ascender al poder.

Luego de proclama la Independencia Nacional, Pedro Santana participó activamente en las campañas militares tendentes a consolidar la soberanía nacional. Uno de los grandes combates librados por el improvisado General fue el escenificado en Azua, al sur del país, frente a las tropas haitianas del General Riviere Herard, el 19 de marzo de 1844.

Pese a sus gloriosos triunfos militares Santana demostró su poca fe en la permanencia de la Independencia; aspiraba, al igual que algunos de los dirigentes de la Junta Central Gubernativa creada el 1 de marzo de 1844, a la concertación de un protectorado con Francia. Esto motivó serios enfrentamientos entre duartistas y santanistas.

Estos enfrentamientos arrojaron como primer resultado que el 12 de julio de 1844 Santana, respaldado por las tropas bajo su mando, se pronunció Jefe Supremo del Ejército y la Junta Central Gubernativa de inmediato se convirtió, con todo y tener la característica de gobierno colegiado, en organismo de una sola voz, la de Santana.

En agosto de ese mismo año Santana inicia una persecución a Duarte y a todos lo Trinitarios por considerarlos no obedientes a su política.

Duarte fue desterrado del país, el 10 de septiembre. Ya libre de los trinitarios, Santana supervisó la redacción de la primera Constitución dominicana, preparada en San Cristóbal, y, finalmente, se hizo elegir Presidente de la República, siendo juramentado como el primer Presidente Constitucional Dominicano el 13 de noviembre de 1844, posición que ocupó hasta el 4 de agosto de 1848.

El Art. 210 de la promulgada Constitución sirvió para que Santana cometiera en el futuro toda clase de crímenes, excesos y tropelías, puesto que daba al Presidente de la República facultades para tomar cuantas medidas creyere oportunas, sin quedar sujeto por ello a responsabilidad alguna, con lo cual se anularon los principios proclamados se creó, por ende, una grosera dictadura.

La presencia militar del General Santana vuelve a sentirse en la Batalla de "Las Carreras", escenifica el 21 de abril de 1849.

En ese mismo año, tras las presiones que ejerció al Gobierno de Jiménez y que le hicieron capitular a su cargo, Santana ocupa la Presidencia de la República una vez más. Este periodo estuvo comprendido entre el día 30 de mayo hasta el 23 de septiembre del 1849.

El 18 de julio de 1849 el Congreso Nacional otorgó el titulo de "LIBERTADOR DE LA PATRIA" al Presidente Santana, por su victoria obtenida en la Batalla de las Carreras.

El 15 de febrero de 1853 Santana vuelve a ocupar la Presidencia de la República, periodo que duró hasta que, por supuestos quebrantos de salud, renunció al solio presidencial el 26 de mayo de 1856. Volviendo a ocupar tan importante posición el 13 de junio de 1858.

Habiendo mantenido en secreto sus negociaciones con España, el 4 de marzo de 1861 el Presidente Santana explicó, mediante circular, a sus amigos los aprestos para la Anexión a España.

Concebida la traición a la Patria, Santana es nombrado Capitán General de la nueva vez colonia española. Posición a la que, alegando una vez más motivos de salud, renunció en julio de 1862.

En agosto de 1863, estalló el Movimiento Restaurador, y Santana tomó las armas contra la República. Los restauradores derrotaron a los españoles, que abandonaron definitivamente la isla el 10 de julio de 1865, y el general Santana fue declarado traidor.

El General Pedro Santana se caracterizó por sus grandes dotes militares; por su tendencia dictatorial; por su afán anexionista y por su pulcritud en el manejo de las cosas públicas. En cuanto a lo político se refiere, sus condiciones son actualmente muy criticadas por muchos historiadores y, sin duda alguna, todos están de acuerdo en que fue un gran militar, demostrándolo en la Batalla del 19 de Marzo, celebrada en Azua en 1844 y en la Batalla de Las Carreras celebrada, también en el sur del país, en el año de 1849; así como también durante la revolución del 7 de julio de 1857, cuando los cibaeños pusieron el ejército revolucionario bajo su mando.