En 1959 realizó estudios de Locución en la Academia para Locutores "Héctor J. Díaz", de La Voz Dominicana.

En 1961 realiza un curso de Ciencias Políticas en San José, Costa Rica; participando en ese mismo año en un curso de Educación Política en San Juan de Puerto Rico.

En 1962 continúa su capacitación en Ciencias Políticas, esta vez en Harvard University y Michigan State University, en Los Estados Unidos de América.

En 1970 obtiene el título de Doctor en Ciencias Jurídicas de la Universidad Autónoma de Santo Domingo. Y en ese mismo año inicia el Doctorado en Derecho Constitucional y Ciencias Políticas en la Universidad de París, Francia.

El 5 de julio de 1961 ingresó al Partido Revolucionario Dominicano (PRD), para luchar contra los remanentes de la tiranía trujillista. Fue un firme dirigente político al estallar la revolución civil de 1965, llamando al pueblo a movilizarse en defensa de la constitucionalidad perdida en 1963.

En el primer comité ejecutivo del PRD, Peña Gómez fue nombrado secretario de prensa y propaganda, ocupando ese cargo en los años 1963, 1964 y 1966. La Secretaría General de esa organización política la ocupó en los años 1963, 1964, 1966, 1973 y del 1974 al 1986: a partir de este último año pasó a ocupar la presidencia del Partido.

El Dr. José Francisco Peña Gómez ascendió políticamente de manera vertiginosa, compartiendo el liderazgo del Partido Revolucionario Dominicano con el profesor Juan Bosch. Luego del golpe de estado que derrocó a Bosch, y que lo deportó al exterior, en 1963, Peña Gómez se convirtió en el líder principal del PRD en el país, lo que se consolidó con el alzamiento constitucionalista de abril de 1965.

Bajo la dirección del doctor Peña Gómez, el Partido Revolucionario Dominicano ganó en dos ocasiones seguidas las elecciones gubernamentales del país, en 1978 y en 1982. Para este último período, 1982-1986, el líder perredeísta resultó electo síndico del Distrito Nacional. Las confrontaciones internas en la organización impidieron que el partido del "jacho prendío", mantuviera el poder en las elecciones de 1986.

En el 1990 participó en las elecciones generales como candidato presidencial con un PRD dividido, obteniendo el 24% de las votaciones, quedando en tercer lugar.

En el 1994 acudió nuevamente a las urnas, pero esta vez con un poderoso PRD; las elecciones de ese año estuvieron plagadas de irregularidades. El Dr. Peña Gómez no aceptó los resultados de la misma. Para solucionar el impasse se firmó el Pacto por la Democracia, con el cual se acordaba la no reelección presidencial, la doble vuelta electoral y se convocaba a elecciones anticipadas en un periodo de dos años.

En el 1996 todo parecía indicar que el Dr. Peña Gómez sería el nuevo presidente de la República Dominicana, llegando a ganar la primera vuelta de las elecciones con un 46%. Pero para la segunda vuelta se unieron el Presidente Joaquín Balaguer y el ex-presidente Juan Bosch en el llamado "Frente Patriótico" para apoyar al Dr. Leonel Fernández.

José Francisco Antonio Peña Gómez desempeñó las funciones de: Maestro de Alfabetización en el Municipio de Mao, Provincia Valverde de la República Dominicana, de 1952 a 1955. Profesor del Liceo Secundario Nocturno de San Cristóbal, República Dominicana, 1956. Maestro de Enseñanza Primaria en la Escuela Intermedia Fray Bartolomé de las Casas, en Yaguate, San Cristóbal, 1958. Profesor del Instituto Preparatorio de Menores en San Cristóbal, 1957-1960. Locutor y Narrador Deportivo de la Emisora "La Voz Dominicana", 1960-1961.

En el Gobierno Constitucional del Profesor Juan Bosch, 1963, ocupó el cargo de Director de la Oficina del Pueblo.

En el periodo municipal 1982-1986 ocupó la alcaldía del la ciudad de Santo Domingo.

En el ámbito internacional el Dr. Peña Gómez ocupó la vicepresidencia de la Conferencia Permanente de Partidos Políticos de América Latina (COPPAL); fue miembro de la Asociación Latinoamericana para la Defensa de los Derechos Humanos (ALDHU), 1980; socio-fundador del Diálogo Interamericano con sede en Washington, E.U.A., 1982; Presidente del Comité Latinoamericano y Vicepresidente Mundial de la Internacional Socialista (IS), desde 1983; miembro del Consejo Directivo del Instituto Latinoamericano de Estudios Políticos, Económicos y Sociales, Montevideo, Uruguay, 1992. Fue Embajador Extraordinario y Plenipotenciario en Misión Especial ante los Gobiernos de Italia, Francia, España y Suecia, 1982-1986.

El Doctor José Francisco Peña Gómez obtuvo condecoraciones y distinciones de autoridades, tanto en su país como en otros países: Ecuador, Portugal, Nicaragua, Venezuela, España…

Recibió Doctorados Honoris Causa de la Universidad Tecnológica de Santiago (UTESA), República Dominicana, en 1995; Universidad Complutense de Madrid, España, 1995; Universidad Evangélica Dominicana, 1996; y un Doctorado Honoris Causa "post mortem" de la Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD), el 10 de mayo del 1999.

Fue Académico Honorario de la Real Academia de Jurisprudencia y Legislación en Madrid, España, en 1996. En ese mismo año fue Académico Honorario de la Facultad de Derecho de la Universidad Complutense de Madrid.