Está ubicado en la Calle Hostos esquina Emiliano Tejera, en la Zona Colonial de la Ciudad de Santo Domingo, en República Dominicana.

Al arribar a la isla de la Hispaniola miembros de la Orden de San Francisco, 1502, iniciaron de inmediato la construcción de su monasterio, compuesto por tres edificaciones principales: el convento donde vivían los frailes franciscanos, la capilla y la iglesia.

La primera iglesia que construyeron era de madera y paja, luego edificaron una en piedra y madera, iniciada en 1508 y concluida en 1511 y el 23 de julio de 1556 se inauguró una tercera iglesia obra del constructor español Rodrígo de Liendo.

La entrada al Monasterio está formada por un portal de estilo plateresco con el cordón de San Francisco y el escudo de la orden.

En las proximidades de la iglesia estaba la capilla de la Tercera Orden de Garay o de María de Toledo. En su tina se custodiaba el agua que se distribuía a través de tuberías a la Zona Colonial, convirtiéndose estas instalaciones en el primer acueducto de la ciudad.

A través del tiempo la edificación del Monasterio de San Francisco ha sufrido considerables daños, unas veces por fenómenos naturales, otras por la mano y el descuido del hombre:

En 1586 fue saqueada por los hombres del pirata Francis Drake, terminando su reparación en 1664; los terremotos de 1673 y 1751 causaron serios daños a su estructura; también ha sido afectado por distintos huracanes. Fue abandonado en 1795 y diez años después, en 1805, los franceses vencidos en Palo Hincado y asediados en la ciudad emplazan un pedazo de artillería sobre el techo; en 1890 es cortada la bóveda y colocaron una explanada de madera con un cañón que al segundo disparo se desplomó con todo y techo. En 1831, durante la época de la ocupación haitiana, son sustraídas piedras y detalles arquitectónicos. En 1930 el ciclón San Zenón destruye gran parte del edificio.